En la misma iglesia hallamos el cuerpo de un hombre expuesto en una urna de madera y cristal. Se trata del pastor Pedro Amador, a quien los dominicos confiaron el cuidado del altar de la Virgen. Posteriormente se le dio sepultura a los pies de la imagen. Ésta fue trasladada a su actual camarín. Se dice que, en 1566, dispuesta la procesión a salir del templo, quedó detenida por fuerza mayor ante la sepultura del pastor. Se abrió ésta, hallándose el cuerpo incorrupto y la procesión pudo seguir. A raíz de esto, se trasladó el cuerpo a la capilla mayor y más tarde al camarín de la Virgen, en donde se halla actualmente. También se cuenta que una dama segoviana, doña María de Peñalosa, intentó cortar un poco el tafetán que cubría al pastor, pero al comenzar a hacerlo se rompieron las tijeras por la mitad.

Por otra parte, según la historia tradicional, en 1428 se trasladó la imagen de la Virgen desde el lugar de su aparición hasta el altar mayor. Al día siguiente se observó que ésta había abandonado el altar para ocupar de nuevo el sitio anterior. Esto provocó que se colocara una talla moderna de la Soterraña en el sitio primitivo mientras la antigua fue nuevamente instalada en el altar mayor.

Otro de los milagros cuyo relato se ha ido transmitiendo oralmente es el de la Virgen de Matamala en Santovenia: unos pastores se encontraban cuidando su rebaño cuando estalló una tormenta que les obligó a refugiarse en la ermita. En un momento dado notaron que cambió la dirección del viento y decidieron trasladarse de lugar; fue entonces cuando cayó un rayo en el sitio que ocupaban anteriormente. Según otra versión de los hechos, un ladrillo cayó a causa del rayo y alcanzó el corazón de la Virgen, salvando de esta manera a los que allí se refugiaban.